Das wird nicht funktionieren, die von beiden Programmen geschriebenen Daten würden ja dann wild durchmischt beim Messinstrument ankommen.
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Das sollte sich Recht einfach in Python schreiben lassen mit pyserial.
Zwei Ports erstellen, den Input vom Gerät an beide Ports Durchrouten und den Input der Ports entsprechend ans Gerät schicken.
Also ich würde das so machen: lokalen HTTP-server aufsetzen, der requests als befehle entgegennimmt und die entsprechenden kommandos ans USB-gerät weiterleitet. Dann von beiden Programmen Kommandos an den lokalen HTTP-server schicken. Der HTTP-server ist für die serialisierung zuständig, also dass zwei Anfragen, die beinahe gleichzeitig eintreffen, trotzdem geordnet und der Reihe nach ans Gerät übergeben werden. Macht insgesamt am wenigsten Schwierigkeiten.